Malmö Högskola valde Suns Opteron-servrar

2005-09-15 Peter Gustafsson   Infrastruktur, Lyckade lösningar, Universitet & högskolor

Saxat ur Sun Solutions

Genom att koppla samman sex Opteron-servrar från Sun i ett kluster har Malmö Högskola fått mesta möjliga beräkningskraft till lägsta möjliga kostnad. Beräkningskraften ska användas för simuleringarav allt från bakterietillväxt till sprickbildningar i metall.

Visste du att det finns en ekvation som beskriver tillväxten av bakterier? Genom att ta en sådan ekvation för en viss bakterie och kombinera med andra ekvationer som beskriver tillförsel av syre, näringsämnen med mera, går det att räkna ut hur mängden bakterier växer under olika förhållanden och efterhand bildar komplicerade, svampliknande strukturer. Den här typen av simulering kallas för biofilmsmodellering och är mycket krävande att räkna ut.

Det är bara ett exempel på vad Malmö Högskolas nya beräkningskluster ska användas till. Den här typen av kluster handlar inte om att att koppla samman två eller flera maskiner för att öka tillgängligheten ifall en av datorerna skulle gå sönder. Nej, här handlar det om att koppla samman flera datorer med stor beräkningskraft för att få till synes en enda dator med mycket, mycket stor beräkningskraft. Den här typen av kluster kallas på engelska för High Performance Computing kluster eller HPC-kluster.

– Vårt kluster ger oss en beräkningskraft som vi aldrig skulle ha haft råd med om vi varit tvungna att köpa en enda dator med motsvarande kapacitet, säger Tomas Schönfeldt som är it-tekniker på Malmö Högskola.

Sex Sun Fire V20z-servrar
Högskolan har valt att bygga sitt kluster med sex Sun Fire V20z-servrar. Respektive server har dubbla AMD Opteron-processorer med 2,2 gigahertz klockfrekvens, 2 gigabyte arbetsminne och två stycken hårddiskar om vardera 76 gigabyte. Servrarna eller noderna som de kallas i dessa sammanhang är sammankopplade via ett Gigabit Ethernet-nätverk. Tio av noderna användas för beräkningar medan resterade två används som masternoder som bland annat hanterar kön av körningar.

Ett krav från Malmö Högskola var att klustret skulle använda 64-bitarsprocessorer. Inte så mycket för att beräkningarna krävde det som för att få en mer framtidssäker lösning.

Tomas Schönfeldt berättar att det aldrig var aktuellt att välja servrar med någon annan processor än Opteron eftersom servrar med Itanium-eller Power-processor har en helt annan prisbild.

Dessutom har andra högskolor valt Opteron som processor i sina beräkningskluster. Malmö Högskola tog in offerter från ett par olika leverantörer och valde systemintegratören och Sun-återförsäljaren Inserve som leverantör av klustret.

– Sun hade det överlägset bästa priset vilket var avgörande. Priset var faktiskt hela 30 procent lägre än för den närmast konkurrerande produkten, säger Tomas Schönfeldt. De sex Sun Fire V20z-servrarna är inte de första Sun-servrarna på högskolan. Tomas Schönfeldt berättar att man sedan tidigare använder Suns Sparc-baserade servrar för strategiska system som bibliotekssystemet, ekonomisystemet och personalsystemet.

Institutionerna står i kö
Beräkningsklustret togs i drift under våren och en rad av högskolans institutioner står nu i kö för att använda det. Institutionen för materialvetenskap kommer bland annat att använda klustret för att göra hållfasthetsberäkningar och beräkna hur sprickbildningar uppstår i metaller på grund av påfrestning eller rost.

Kemisterna på högskolan kommer att använda klustret för att simulera hur molekyler beter sig i olika faser medan skolans teoretiska atomfysiker kan använda det för att ta reda på hur en atoms kärna och elektroner påverkas av relativistiska effekter.

Tyngden i beräkningarna varierar högst väsentligt och en körning kan ta allt från någon sekund till flera månader, även om så långa körningar släpper in mindre körningar under tiden. En typisk körning tar kanske ett par dagar, berättar Stefan Gustafsson som är koordinator för högskolans simuleringscenter som ansvarar för beräkningsklustret.

– Många av våra simuleringar kan inte få nog med beräkningskraft, fortsätter Stefan Gustafsson. Men det viktigaste för oss är inte beräkningskraften utan att vi nu bygger upp kompetens kring den här typen av kluster och beräkningar.

Technorati tags: